يُستخدم فلاجيل الفارابي للوقاية من وعلاج داء المشعرات، والبكتيريا اللاهوائية (كلوستريديوم)، والإسهال، ويُشارك مع مضادات حيوية أخرى لتحقيق تأثير تآزري، ويُستخدم لعلاج التهاب البلعوم الأنفي الناتج عن تيارات الهواء. بالإضافة إلى ذلك، يُمكن استخدامه مع مضادات الكوكسيديا، مما يزيد من فعاليته العلاجية.
